中國科學(xué)院昆明動物研究所（簡稱昆明動物所）直屬于中國科學(xué)院，是我國生物多樣性演化、保護與可持續(xù)利用領(lǐng)域的綜合性研究機構(gòu)。昆明動物所成立于1959年4月，其前身為昆蟲研究所紫膠站，1963年改名為中國科學(xué)院西南動物研究所，1970年劃歸云南省后改名為云南省動物研究所，1978年重歸中國科學(xué)院，恢復(fù)原所名。
昆明動物所現(xiàn)有42個學(xué)科團隊。擁有“遺傳資源與進化國家重點實驗室”、“中國科學(xué)院動物模型與人類疾病機理重點實驗室”2個主要研究單元，與香港中文大學(xué)聯(lián)合共建“生物資源與疾病分子機理聯(lián)合實驗室”。建設(shè)有“中科院動物進化與遺傳前沿交叉卓越創(chuàng)新中心”、“模式動物表型與遺傳研究國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（靈長類設(shè)施）”、“國家昆明高等級生物安全靈長類動物實驗中心（P3實驗室）”、“國家非人靈長類實驗動物資源庫”、“國家西南種質(zhì)資源庫動物分庫”、“國家發(fā)改委天然活性多肽國家地方聯(lián)合工程研究中心”、“中國科學(xué)院生物多樣性大型儀器區(qū)域中心（西南）”、“昆明動物標(biāo)本庫”8個國家或院級科研與技術(shù)平臺，以及“云南無量山西黑冠長臂猿監(jiān)測站”和“云南大山包黑頸鶴監(jiān)測站”2個野外觀測臺站。與云南省合作共建昆明動物博物館，館藏各類動物標(biāo)本約90萬號，是我國西南地區(qū)規(guī)模最大、收藏量最豐富的動物專題博物館，先后被授予“全國科普教育基地”、“云南省生態(tài)文明教育基地”等榮譽稱號。
截至2020年底，昆明動物所共有在職職工357人。其中科技人員166人，包括中國科學(xué)院院士2人、發(fā)展中國家科學(xué)院院士1人、正高級專業(yè)技術(shù)人員44人、副高級專業(yè)技術(shù)人員80人。
共有國家海外高層次人才引進計劃青年項目入選者5人，國家高層次人才特殊支持計劃8人；中國科學(xué)院海外高層次人才引進計劃入選者20人（新增1人）；國家杰出青年科學(xué)基金獲得者9人；國家優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者8人（新增1人）；“西部之光”人才入選者117人（在研35人，新增6人），青年創(chuàng)新促進會會員25人（在研13人，新增4人），青年創(chuàng)新促進會優(yōu)秀會員4人。
昆明動物所是1980年國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位之一，現(xiàn)設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點，動物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、遺傳學(xué)、細胞生物學(xué)4個二級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點，生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生物與醫(yī)藥碩士研究生培養(yǎng)點，并設(shè)有生物學(xué)專業(yè)一級學(xué)科博士后流動站，共有在學(xué)研究生431人（其中碩士生229人、博士生202人）、在站博士后27人。
建所以來，昆明動物所始終定位于生物多樣性演化、保護和利用研究，并按照中科院的決策和部署，凝練聚焦國家重大和關(guān)鍵科技問題，整合組織科研力量，在老一輩科學(xué)家的帶領(lǐng)下，取得了一批高水平研究成果，造就了一批優(yōu)秀科學(xué)家，取得了良好的社會效益和經(jīng)濟效益，為國家和地方的發(fā)展作出了重要貢獻。昆明動物所積極承擔(dān)國家重大科技專項、973、863、中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項和自然科學(xué)基金等多項重大科研任務(wù)，先后獲得國家自然科學(xué)二等獎5項，技術(shù)發(fā)明二等獎1項，科學(xué)技術(shù)進步獎3項，并多次獲得省部級及中國科學(xué)院重要獎項，截止2020年12月31日授權(quán)專利262件。
目前，昆明動物所與美洲、歐洲等多個國家的著名科研機構(gòu)開展合作，并積極參與中國科學(xué)院“中非聯(lián)合研究中心”和“東南亞生物多樣性研究中心”的建設(shè)，進一步拓展了與非洲和東南亞的合作。
昆明動物所是云南省動物學(xué)會、云南省細胞與生物學(xué)會、云南省免疫學(xué)會、云南省實驗動物學(xué)會的掛靠單位，負責(zé)編輯出版動物學(xué)核心刊物Zoological Research（《動物學(xué)研究》），該刊物于2018年12月起正式被SCIE收錄。2019年影響因子為2.638，在169種動物學(xué)學(xué)科SCI期刊中排名第12位，躋身領(lǐng)域前7%。
我國生物多樣性演化、保護與可持續(xù)利用領(lǐng)域的綜合性研究機構(gòu)，在生物多樣性保護與利用、遺傳進化與發(fā)育、重大疾病靈長類動物模型、疾病機理與藥物研發(fā)、病毒感染免疫等方向上取得了一系列重要科研成果。2012-2014年連續(xù)三年獲得國家級科技獎項，2017年獲得一項國家科學(xué)技術(shù)獎。研究所擁有“遺傳資源與進化國家重點實驗室”、“中國科學(xué)院動物模型與人類疾病機理重點實驗室”2個主要研究單元。建設(shè)有“中科院動物進化與遺傳前沿交叉卓越創(chuàng)新中心”、“模式動物表型與遺傳研究國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（靈長類設(shè)施）”、“國家昆明高等級生物安全靈長類動物實驗中心（P3實驗室）”、“國家非人靈長類實驗動物資源庫”、“國家西南種質(zhì)資源庫動物分庫”、“國家發(fā)改委天然活性多肽國家地方聯(lián)合工程研究中心”、“中國科學(xué)院生物多樣性大型儀器區(qū)域中心（西南）”、“昆明動物標(biāo)本庫”8個國家或院級科研與技術(shù)平臺，以及“云南無量山西黑冠長臂猿監(jiān)測站”和“云南大山包黑頸鶴監(jiān)測站”2個野外觀測臺站。與香港中文大學(xué)聯(lián)合共建“生物資源與疾病分子機理聯(lián)合實驗室”。能夠開展從分子、細胞、動物到生態(tài)系統(tǒng)水平的各類研究和實驗。
研究生學(xué)歷學(xué)位證書由中國科學(xué)院大學(xué)授予，研究所現(xiàn)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)（一級學(xué)科）、動物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、遺傳學(xué)、細胞生物學(xué)博士及碩士學(xué)位培養(yǎng)點，同時擁有生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生物與醫(yī)藥工程（專業(yè)型學(xué)位）碩士學(xué)位培養(yǎng)點，并設(shè)有生物學(xué)一級學(xué)科博士后流動站。我所現(xiàn)有博士生導(dǎo)師43人，碩士生導(dǎo)師43人。在學(xué)研究生380人、與中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)等高校聯(lián)合培養(yǎng)研究生62人、在站博士后26人。