中國科學院沈陽應用生態(tài)研究所（簡稱沈陽生態(tài)所）成立于1954年，其前身為中國科學院林業(yè)土壤研究所，1987年更為現(xiàn)名，2001年成為國家知識創(chuàng)新工程試點單位，2015年成為中國科學院“生態(tài)文明建設”領域首批特色研究所試點單位。
1987年，根據(jù)中國科學院強化生態(tài)資源環(huán)境研究的戰(zhàn)略部署及學科需要，研究所更名為“中國科學院沈陽應用生態(tài)研究所”。學科定位為以陸地生態(tài)系統(tǒng)為研究對象，以現(xiàn)代生態(tài)學為主攻學科，主要開展宏觀生態(tài)學、系統(tǒng)生態(tài)學、實驗生態(tài)學，生物工程與生物技術(shù)等領域的研究。
1998年，沈陽生態(tài)所根據(jù)國際應用生態(tài)學的發(fā)展趨勢、國家生態(tài)環(huán)境建設實踐的需求、中國科學院的學科布局和我所的學科優(yōu)勢與積累，將我所的學科定位為“以應用生態(tài)學為主攻學科，以實驗生態(tài)學方法為主要手段，重點開展森林生態(tài)學、污染生態(tài)學和農(nóng)業(yè)生態(tài)學中的物質(zhì)循環(huán)生態(tài)過程、區(qū)域農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究”。
2001年，沈陽生態(tài)所正式進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點，確立了森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程三大領域的學科布局。2010年，沈陽生態(tài)所根據(jù)中國科學院“創(chuàng)新2020”總體部署，制定了研究所“一三五”規(guī)劃。
2015年，按照中國科學院“率先行動”計劃的要求和研究所分類改革的統(tǒng)一部署，沈陽生態(tài)所成功進入中國科學院“特色研究所”建設首批試點研究所，進入新的歷史發(fā)展時期。2018年，順利通過特色研究所建設驗收。
建所以來，圍繞國家農(nóng)業(yè)、林業(yè)可持續(xù)發(fā)展、生態(tài)與環(huán)境建設中急需解決的重大問題和應用生態(tài)學的發(fā)展需要，沈陽生態(tài)所在森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程領域開展基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性研究，豐富和發(fā)展森林生態(tài)學、農(nóng)田生態(tài)學和污染生態(tài)學的基礎理論，為我國主要退化生態(tài)系統(tǒng)恢復與重建，改善生態(tài)與環(huán)境，保障食物安全提供科學依據(jù)與關鍵技術(shù)。共獲得省部級以上獎勵230余項，其中國家獎33項，省部級獎202項；出版專著288部；發(fā)表論文7700余篇，其中SCI論文2326篇；授權(quán)專利500項。
沈陽生態(tài)所設有森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程研究中心、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程研究中心、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程研究中心等三個研究中心；是土壤養(yǎng)分管理國家工程實驗室（共建）、污染土壤生物-物化協(xié)同修復技術(shù)國地聯(lián)合工程實驗室、中國科學院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點實驗室、中國科學院森林生態(tài)與管理重點實驗室、中國科學院綠色肥料工程實驗室、遼寧省陸地生態(tài)過程與區(qū)域生態(tài)安全重點實驗室、遼寧省生態(tài)公益林重點實驗室、遼寧省植物資源與利用重點實驗室、遼寧省土壤環(huán)境質(zhì)量與農(nóng)產(chǎn)品安全重點實驗室、遼寧省肥料工程技術(shù)中心等科技平臺的依托單位；在不同地帶、不同類型地區(qū)設有8個野外站，其中吉林長白山森林生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、遼寧沈陽農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、湖南會同森林生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、清原森林生態(tài)系統(tǒng)觀測研究站為國家級野外臺站、中國生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(CERN)站，烏蘭敖都荒漠化試驗站為國家林業(yè)局荒漠化防治監(jiān)測站，大青溝沙地生態(tài)研究站、沈陽樹木園（沈陽城市站）和額爾古納森林草原過渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站為所級站；此外，沈陽生態(tài)所還與國家林業(yè)局共建了長白山西坡站和額爾古納濕地站。沈陽生態(tài)所擁有東北地區(qū)最大的生物標本館，館藏標本61萬份，其中包括維管束植物標本29萬份，苔蘚標本13萬份，地衣標本3萬份，高等真菌標本4萬份，昆蟲標本7.2萬份，病害標本1萬份，木材標本1千份，微生物標本2萬份及土壤標本2萬份。為進一步提升整體研究水平和國內(nèi)外影響力，沈陽生態(tài)所在沈陽市沈北新區(qū)建設了占地346畝的新園區(qū)，實驗大樓、植物引種馴化中心、研究生公寓等建筑和設施已建成并投入使用。
截至2019年底，沈陽生態(tài)所共有在職職工434人。其中專業(yè)技術(shù)人員389人，包括正高級專業(yè)技術(shù)人員85人、副高級專業(yè)技術(shù)人員99人。共有國家杰出青年科學基金獲得者2人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者9人。
沈陽生態(tài)所是1981年國務院學位委員會首次批準的博士學位點，現(xiàn)設有生態(tài)學、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科博士研究生培養(yǎng)點，微生物學、環(huán)境科學2個二級學科博士研究生培養(yǎng)點，生態(tài)學、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科碩士研究生培養(yǎng)點，微生物學、植物學、森林培育、環(huán)境科學等4個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點；并設有生態(tài)學、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科博士后流動站。共有在學研究生357人（其中博士生190人，碩士生167人），在站博士后31人。
沈陽生態(tài)所與美國、英國、德國、比利時、俄羅斯、瑞士、日本等國家的眾多高水平大學和科研機構(gòu)開展卓有成效的合作研究與學術(shù)交流，與國內(nèi)知名高校和相關企業(yè)建立了合作關系。
沈陽生態(tài)所是遼寧省生態(tài)學會、遼寧省植物學會、遼寧省土壤學會、沈陽市植物學會的掛靠單位；主辦中文期刊《應用生態(tài)學報》《生態(tài)學雜志》，及SCIE期刊Ecological Processes等學術(shù)刊物。
中國科學院沈陽應用生態(tài)研究所(前身中國科學院林業(yè)土壤研究所)成立于1954年，是以林業(yè)、土壤、植物、微生物與環(huán)境科學為基礎的綜合性應用生態(tài)學研究機構(gòu)�，F(xiàn)有國家杰出青年基金獲得者2人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者9人。
研究所下設土壤養(yǎng)分管理國家工程實驗室（共建）、污染土壤生物-物化協(xié)同修復技術(shù)國家地方聯(lián)合工程實驗室、中國科學院森林生態(tài)與管理重點實驗室、中國科學院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點實驗室、中國科學院綠色肥料工程實驗室、遼寧省穩(wěn)定同位素技術(shù)重點實驗室、遼寧省環(huán)境計算與可持續(xù)發(fā)展重點實驗室、遼寧省現(xiàn)代保護性耕作與生態(tài)農(nóng)業(yè)重點實驗室；擁有中國科學院長白山森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院沈陽生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院會同森林生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院清原森林生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），烏蘭敖都荒漠化實驗站（國家林業(yè)局荒漠化監(jiān)測中心之一），大青溝生態(tài)研究站，額爾古納森林草原過渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站，沈陽樹木園和東北生物標本館。研究所編輯出版《應用生態(tài)學報》和《生態(tài)學雜志》兩個國家級核心期刊及《Ecological Processes》國際期刊（SCI收錄）。
研究所為1981年國務院學位委員會首批批準的博士學位點�，F(xiàn)有生態(tài)學、土壤學、微生物學、環(huán)境科學等4個博士學位點；生態(tài)學、土壤學、微生物學、環(huán)境科學、植物學、森林培育學等6個學術(shù)型碩士學位點及資源與環(huán)境、生物與醫(yī)藥兩個專業(yè)型碩士學位點。另設有生態(tài)學和農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境兩個一級學科博士后流動站。